Daten­manage­ment und -integration mit tran­SMART

Mithilfe ihrer grafischen Oberfläche bietet die Plattform tranSMART die Möglichkeit, schnell einen Überblick über vorhandene Datensätze zu erhalten und die Daten zu visualisieren. Dabei können diese Analysen auch der frühzeitigen Qualitätssicherung der Dokumentation oder der Generierung neuer Forschungs­hypothesen dienen. Während seiner Einführung zum Workshop betonte Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen), dass er von der Leistungsfähigkeit der Plattform überzeugt sei. „Gleichwohl kann tranSMART nicht zaubern“, schränkte er ein. „Vielmehr ist weiterhin die Expertise von medizinischen Informatikern, Statistikern und Epidemiologen erforderlich, um valide und nachprüfbare Analysen zu gewährleisten.“ Auch Regeln, d. h. Access-and-Use-Policies, die bestimmen, welche Auswertungen der Forscher mit den vorliegenden Daten vornehmen kann und welche nicht, seien zentral für den Einsatz einer solchen Plattform in Forschungsprojekten, so Sax.  

Auch die Plattform „Informatics for Integrating Biology and the Bedside“ (i2b2) ist ein Werkzeug zur interaktiven Exploration und Auswertung von Daten. Sie hat gegenüber tranSMART allerdings den Nachteil, dass sie derzeit keine genomischen Daten unterstützt, die im Zuge der Systemmedizin zunehmend an Bedeutung gewinnen. „Auf lange Sicht wäre es aber wünschenswert, dass i2b2 und tranSMART zusammenwachsen“, sagte Sax.

Diesen Wunsch teilte auch Kees van Bochove (The Hyve, Utrecht/Niederlande), der die nächsten großen Entwicklungsstufen von tranSMART erläuterte, die durch die tranSMART Foundation geplant sind.

Einen Einblick in die Welt jenseits der Datenintegration und reinen Datenpräsentation gaben Reinhard Schneider und Sascha Herzinger von der Universität Luxemburg. In der Systemmedizin wird tranSMART als Einstieg verwendet, um Daten zu ausgewählten Patienten im Kontext bekannter systembiologischer Pathways hinsichtlich der aktuellen Literatur beurteilen zu können.