Fhircrackr: sekundäre Routine­daten für die Forschung nutzen

Die sekundäre Nutzung klinischer Routinedaten ist in den letzten Jahren mehr und mehr in den Fokus der Aufmerksamkeit gerückt. Um die heterogenen Primärdaten der Versorgung jedoch nutzbar zu machen, müssen diese Daten zunächst in ein interoperables Format überführt und integriert werden. Im Rahmen der Medizininformatik-Initiative haben 29 Universitätskliniken dafür Daten­integrations­zentren entwickelt, welche ihre klinischen Daten in den HL7 FHIR Standard überführen, integrieren und der Forschung zur Verfügung stellen. Diese im FHIR-Format zur Verfügung gestellten Daten sind hochgradig verschachtelte und verlinkte JSON- oder XML-Objekte, welche für die Beschreibung und den Austausch medizinischer Daten optimiert sind, sich jedoch weniger für statistische Analysen eignen.

Der fhircrackr ist ein R-Paket, das unter der Open-Source-Lizenz GPL-3 veröffentlicht ist und FHIR-Daten für statistische Standardanalysen zugänglich macht. Es ist im Portal Toolpool der TMF verfügbar. Dafür stellt das Paket Funktionen zum Download und Verflachen der Daten von einem FHIR-Server bereit. Im Ergebnis entstehen flache Datentabellen, welche entweder gleich in der R-Umgebung analysiert, oder in einem beliebigen Datenformat zur Weiternutzung in anderen Tools exportiert werden können. Der fhircrackr unterstützt dabei verschiedene Download- und Authentifizierungs­protokolle und erlaubt eine flexible Selektion der für die Analyse benötigten Items aus den FHIR-Ressourcen.

Julia Palm vom Institut für medizinische Statistik, Informatik und Daten­wissenschaften des Universitätsklinikums Jena stellt im 54. Meet@TMF die Funktionen des fhircrackr einmal vor und demonstriert anhand von Spieldaten, wie das funktioniert.