Integrated Data Repository Toolkit

Ziel des Vorhabens war der Aufbau einer nachhaltig nutzbaren und datenschutz­konformen Plattform für die Integration heterogener Datenbestände in der klinischen und translationalen Forschung. Die Zusammen­führung und standardisierte Aufbereitung erlaubt eine langfristige Nachnutzung der erhobenen Forschungsdaten. Hierzu sollten bewährte vorhandene Architekturen an die Bedürfnisse der vernetzten medizinischen Forschung in Deutschland angepasst und zu einem nahtlosen Prozess integriert werden.

In medizinischen Forschungs­verbünden und an den deutschen Universitäts­kliniken wurden in den letzten Jahren eine Vielzahl von Forschungs­datenbanken aufgebaut. Diese Datenbestände besitzen über ihren ursprünglichen Forschungszweck hinaus ein großes Nachnutzungs­potenzial für aktuelle und zukünftige Forschungs­hypothesen.

Mit dem hier beantragten Projekt sollte, basierend auf frei verfügbaren IT-Komponenten, die in den letzten Jahren in TMF- bzw. BMBF-Projekten entstanden sind, der Aufbau einer generischen Methodik und einer nachhaltig nutzbaren und datenschutz­konformen Plattform für die Zusammenführung, Abfrage und Visualisierung heterogener Datenbestände in einem Data Warehouse geschaffen werden. Als Kernkomponente zur generischen Datenhaltung und Datenabfrage wurde das Open Source System i2b2 in das zu entwickelnde "Integrated Data Repository Toolkit (IDRT)" eingebettet. Für den ETL-Prozess wurde das Open Source Produkt Talend Open Studio verwendet. Zur Verwendung standardisierter Datenitems wird auf die Ergebnisse des BMBF-Projekts Metadata Repository zurückgegriffen. Zur Wahrung der Patientenrechte und des Datenschutzes wird der TMF PID-Generator in den ETL-Prozess integriert.

Durch die konsequente Nutzung von Open-Source Komponenten und projekt­begleitende Maßnahmen der Dissemination wird die Voraussetzung für eine dauerhafte Community-Nutzung über Verbünde aus der TMF hinaus geschaffen.

Ein erster Projektabschnitt (V091-01M IDRT1) wurde im Juni 2013 abgeschlossen. Alle Ergebnisse stehen öffentlich und frei zur Verfügung.

In einem Folgeprojekt wurde für die Einbettung von Terminologien ein Ontologie-Editor entwickelt, der das komfortable Mapping vorhandener Kataloge und Terminologien auf die Ontologie-Funktion von i2b2 erlaubt.

Weitere Informationen und alle Ergebnisse des Projekts finden Sie auf der Projektwebsite.

V091-01M IDRT1 / V091-02M IDRT2

Projektzeitraum:
V091-01M IDRT1: 01/2012 - 06/2013
V091-02M IDRT2: 07/2013 - 03/2014
Bewilligte Mittel:
V091-01M IDRT1: 177.570 €
V091-02M IDRT2: 124.598 €
Projektpartner:
Prof. Dr. Hans-Ulrich Prokosch (Projektleitung IDRT1)
Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg
Lehrstuhl für Med. Informatik
Krankenhausstraße 12
91054 Erlangen
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Prof. Dr. Ulrich Sax (Projektleitung IDRT2)
Universitätsmedizin Göttingen
Robert-Koch-Str. 40
37075 Göttingen
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Prof. Dr. Alfred Winter
Universität Leipzig
Institut für Medizinische Informatik, Statistik und Epidemiologie
Härtelstr. 16-18
04107 Leipzig 
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Ansprechpartner in der Geschäftsstelle:
Dr. Johannes Drepper
Tel.: 030 - 22 00 24 740
E-Mail

Projektergebnisse: Integrated Data Repository Toolkit (Werkzeuge für die Datenintegration im i2b2-System)

Werkzeug-Set, das die Zusammenführung von Daten aus Krankenversorgung, klinischer und biomedizinischer Forschung über die Grenzen von Institutionen und Standorten hinweg unter Nutzung des modularen Open Source Systems i2b2 (Informatics for Integrating Biology and the Bedside) unterstützt. Das „Integrated Data Repository Toolkit“ (IDRT) bietet eine Anpassung von i2b2 an die Anforderungen in Deutschland sowie zusätzliche Unterstützung, beispielsweise mit einem Installations-Wizard, mit Werkzeugen für die Extraktion und für die Aufbereitung und Visualisierung der Daten sowie für Supportfunktionen. Ein Ontologie-Editor ermöglicht die Einbettung von Terminologien. Über eine Schnittstelle ist auch der Import des Basisdatensatzes gemäß § 21 Krankenhausentgeltgesetz möglich.

Hinweis: Das Produkt wurde am 17. November 2015 erstmals zur Verfügung gestellt. Es befindet sich im Archiv und ist nicht mehr aktuell.

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