Curated database of candidate therapeutics for the activation of CFTR-mediated ion conductance - CandActCFTR

CandActCFTR ist ein Pilotprojekt zum Aufbau einer Datenbank von Kandidatinnen und Kandidaten für Mukoviszidose-Therapeutika zur Aktivierung der CFTR-vermittelten Ionenleitfähigkeit, um Daten aus öffentlich zugänglichen Quellen, unveröffentlichte Primärdaten und Erkenntnisse aus Screening-Bemühungen zusammenzuführen. Die gewonnenen Informationen über getestete Substanzen werden die Identifizierung der vielversprechendsten Kandidatinnen und Kandidaten für zukünftige Therapeutika ermöglichen.

Aktivitäten und Fortschritt 2020

• Einbindung von Ähnlichkeits­suchen für Liganden
• Verbesserung der GUI
• Integration von KNIME als Teil des Backends
• Erstellung eines Systembiologie­models nach MIRIAM-Standard
• Konzept eines Erklärfilms
   

Aktivitäten und Fortschritt 2021

• Einbau der Systembiologiemodellierung nach MIRIAM-Standard in die GUI
• Erstellung des Zielstruktur­datenbankmoduls
• Start des Virtuellen Screenings mit Annotation der Datenbank mit den Ergebnissen
• Erstellen einer Text­mining­pipeline für die automatische Vorbereitung des Kurationsprozesses
• Erklärfilm zur Software veröffentlicht
   

Aktivitäten und Fortschritt 2022 

• Einbau der System­biologie­modellierung nach MIRIAM-Standard in die GUI
• Erstellung des Ziel­struktur­daten­bank­moduls
• Start des virtuellen Screenings (Bindestellen­vorhersagen und Docking) mit Annotation der Datenbank mit den Ergebnissen (Ligand mit Zielstruktur(en))
• Fertigstellung eines Videos, dass die Projektstrategie CandActBase und deren Umsetzung beschreibt
• Erstellen einer Textmining­pipeline für die automatische Verarbeitung von Publikationsdaten für CandActBase
• Nutzung des Moduls CandActBase für ENaC-aktivierende Substanzen (Use Case von CandActBase über CFTR hinaus)
• Kooperationsarbeit mit den DFG-Projekten 3LGM2IHE und NMDR 

Aktivitäten und Fortschritt 2023

• Einbau der System­biologie­modellierung nach MIRIAM-Standard in die GUI
• Erstellung des Ziel­struktur­daten­bank­moduls
• Durchführung des virtuellen Screenings (Binde­stellen­vorher­sagen und Docking) mit Annotation der Datenbank mit den Ergebnissen (Ligand mit Zielstruktur(en))
• Erweiterung einer Text-Mining­pipeline für die automatische Verarbeitung von Publikations­daten für CandActBase
• Nutzung des Moduls CandActBase für ENaC-aktivierende Substanzen (Use-Case von CandActBase über CFTR hinaus)
• Kooperationsarbeit mit den DFG-Projekten 3LGM2IHE und NMDR
• Auswahl von sieben Testsubstanzen für den CFTR-Anwendungsfall
• Versand und Testen der ausgewählten Substanzen bei sechs europäischen Kooperations­partnern (Workpackage „5X5“), ein Ergebnis liegt bereits vor

Aktivitäten und Fortschritt 2024

• Fortsetzung des virtuellen Screenings auf andere Targets
• Erweiterung der Publikationspipeline für die automatische Verarbeitung von Publikationsdaten für CandActBase in den enthaltenen Abbildungen
• Schaffung von Möglichkeiten, die Systembiologiekarten interaktiv, u. a. nach verschiedenen Screening-Ergebnissen, anfärben zu können und Verknüpfungen verschiedener Karten untereinander anzulegen
• Einbindung der Zielstrukturanzeige in das Webtool
• Abschluss der Tests der ausgewählten Substanzen bei sechs europäischen Kooperationspartnern (Workpackage „5X5“) und abschließende Auswertung
• Abschluss und Dokumentation

D135-01 CandActCFTR

Projektleitung: Dr. Manuel M. Nietert (Universitätsmedizin Göttingen), PD Dr. Frauke Stanke (Medizinische Hochschule Hannover)
Projektzeitraum: 2016 – 2024
Fördersumme (Anteil TMF): siehe „Zentralprojekt zu DFG-Forschungsprojekten über die und mit der TMF“
Förderer: Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG)
Förderkennzeichen: 315063128 (Projektnummer)