TMF-Tutorials 2022

Referentin: Dana Stahl (Universitätsmedizin Greifswald)

15.11.2022 | 09:30 bis 11:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 30 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 48 € / Industrie: 90 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: keine spezifischen Fachkenntnisse notwendig. Grundverständnis für Studien, Register und Forschungsinfrastrukturen empfohlen

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Notebook oder Tablet

Die Digitalisierung in Gesundheitsversorgung und Forschung wird immer relevanter. Nicht nur die medizinischen Daten und Proben müssen für eine mögliche Nachnutzung digital verarbeitet werden, sondern auch die Einwilligungserklärung muss diese abdecken. Eine digital erfasste Einwilligungserklärung sichert den effizienten Zugang zu Daten und Proben für die Forschung. Dieses Tutorial gibt einen Überblick über die Optionen der digitalen Verwaltung von Einwilligungserklärungen und geht dabei sowohl auf die zugrunde liegenden Konzepte als auch auf bereits in der Praxis etablierte Lösungen ein. Unter anderem können die Teilnehmer testweise in etablierten Forschungssystemen des Deutschen Zentrums für Herz-Kreislaufforschung (DZHK) oder des Netzwerks Universitätsmedizin (NUM) digitale Einwilligungserklärungen anlegen.

Referent: Moanes Ben Amor, Galina Tremper (Deutsches Krebsforschungszentrum Heidelberg)

15.11.2022| 14:30 bis 16:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 30 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 48 € / Industrie: 90 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: keine

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Docker und Postman vorinstalliert

Eine zentrale Voraussetzung für den sicheren Betrieb kleiner und großer Forschungsnetze ist die rechtskonforme Verwaltung von Identitäten der Probandinnen und Probanden oder Patientinnen und Patienten, die anhand ihrer identifizierenden Daten standortübergreifend zu verbinden sind (fehlertolerantes Record Linkage, Pseudonymisierung).

Vorgestellt werden einerseits konkrete Anwendungen aus großen Forschungsnetzen. Der praktische Teil des Tutorials führt andererseits in die Verwendung der Mainzelliste (Identitätsmanagement) ein, die dank DFG-Förderung in MAGIC die TMF-Datenschutzkonzepte umsetzen. Download und Informationen unter www.toolpool-gesundheitsforschung.de.

Referenten: Stephan Struckmann, Joany Marino, Elisa Kasbohm, Carsten Oliver Schmidt

15.11.2022 | 09:30 bis 18:30 Uhr | Präsenz

Kosten: TMF-Mitglieder: 300 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 480 € / Industrie: 960 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Grundlegende R-Kenntnisse

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Laptop (Intel CPU, at least 4 GByte of RAM and 4 cores), mit R >= 4.1, R-Studio installiert, Rtools (im Falle von Windows) installiert; Folgende R-Pakete werden verwendet und sollten installiert sein: dlookr, pointblank, dataquieR, ideally cloned gitlab repository

Das Tutorial besteht aus drei Teilen: zuerst erfolgt eine Einführung in ein Datenqualitätskonzept für Forschungsdaten (Schmidt et al. 2021). Vorgestellt und besprochen werden Dimensionen der Datenqualität und deren Umsetzung in Datenqualitätsindikatoren. Im zweiten Teil werden Voraussetzungen für Metadaten besprochen, um umfassende Datenqualitätsassessments zu ermöglichen. Im dritten und längsten Block werden diese Grundlagen dann übertragen auf die Erstellung eigener Datenqualitätsreports mit Fokus auf das R dataquieR package (Richter et al. 2021).  Neben der Nutzung von Demo-Daten besteht die Option, eigene Daten mitzubringen und auf diesen Reports zu erstellen.

Referenten: Julian Saß, Andrea Essenwanger (Berlin Institute of Health / Charitè)

15.11.2022 | 09:30 bis 18:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 120 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 180 € / Industrie: 360 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Anfänger, keine bis wenige Erfahrungen mit FIHR, keine Programmiererfahrungen notwendig

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Laptop   

Das Tutorial startet mit einer grundlegenden Einführung in den FHIR-Standard und setzt somit auch keine Vorkenntnisse voraus. Zunächst soll die Kernspezifikation vorgestellt werden, um das Gelernte anschließend in praktischen Übungen mit Postman und FHIR Shorthand (FSH) anzuwenden. Die Teilnehmenden bekommen die Möglichkeit, ihre eigenen FHIR-Ressourcen zu erstellen, um diese dann mit Hilfe der FHIR REST API untereinander auszutauschen. Im zweiten Teil des Tutorials wird näher auf die Module der Medizininformatik Initiative und deren Anwendung in der Praxis eingegangen.

Referent: Ronald Speer (Universität Leipzig)

16.11.2022 | 9:30 bis 18:30 Uhr | Präsenz

Kosten: TMF-Mitglieder: 300 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 480 € / Industrie: 960 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: nein

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: nein

Die Validierung von IT-Systemen ist eine zentrale Anforderung aller behördlichen Auflagen in der medizinischen Forschung. Ohne eine lückenlose und gut dokumentierte Validierung können IT-Systeme nicht compliant sein und damit nicht die Qualität aufweisen, die die Regularien fordern. Der komplexe Prozess der Validierung setzt spezielles Wissen über die eingesetzte Hard- und Software sowie die gesamte IT-Infrastruktur voraus und erfordert die regelmäßige Beobachtung von gesetzlichen Anforderungen und Sicherheitsvorkehrungen für neue Technologien. Ein Forschungsprojekt muss nachweisen, dass die Validität der Systeme über die gesamte Einsatzdauer aufrechterhalten werden kann. Das Tutorial bietet eine Einführung in das Validierungspaket der TMF, das zusammen mit einem Validierungsmasterplan und entsprechenden Dokumenten sowie einem zugehörigen Schulungskonzept in einem TMF-Projekt erarbeitet worden ist.

Referenten: Manuel Nietert, Liza Vinhoven (Medizinische Bioinformatik Universität Göttingen)

16.11.2022 | 09:30 – 16:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 120 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 180 € / Industrie: 360 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Anfänger - Programmierkenntnisse sind explizit nicht vorausgesetzt.

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Eigenen Rechner mit Onlineverbindung. Erfolgte Installation von KNIME, Infomaterial wird bereitgestellt.

Die Benutzer lernen ein generell anwendbares Software-Tool im Bereich DataScience kennen und gehen damit erste Schritte. Nach einer kurzen Einführung in das System und dem theoretischen Hintergrund werden wir sehr praxisnah mittels geführter Übungsaufgaben in die Benutzung dieser grafischen Workflow Plattform einweisen und die Möglichkeiten des Open Source Systems erörtern: u.a. die Handhabung diverser biomedizinischer Forschungsdaten und anderer online verfügbarer Ressourcen, die Einbindung von R und Python, sowie Nutzung von KNIME in anderen Umgebungen. Hierbei werden wir ihnen genug theoretischen Hintergrund geben, damit sie verstehen, was und wieso sie etwas in diesem Kurs tun. Mehr Informationen zu KNIME.

Referenten: Klaus Pommerening (Universitätsmedizin Mainz), Johannes Drepper (TMF e.V.)

16.11.2022 | 09:30 – 16:15 Uhr | Präsenz

Kosten: TMF-Mitglieder: 300 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 480 € / Industrie: 960 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Das Tutorium richtet sich an alle aus den Bereichen Informatik, Dokumentation oder auch Medizin, die  mit Datenschutzfragen konfrontiert sind.

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Ein Einlesen in die (vorab verteilte) Übungsaufgabe ist erwünscht.

Der TMF-Datenschutzleitfaden ist grundlegend für den Datenschutz in medizinischen Forschungsprojekten. Er wird zurzeit überarbeitet, um sowohl neue rechtliche Rahmenbedingungen wie die EU-Datenschutzgrundverordnung als auch neue inhaltliche Anforderungen von Seiten der Forschung abzudecken. Das Tutorium bietet dazu einen Einstieg in die Nutzung. Präsentiert werden die verschiedenen Arten medizinischer Forschung einschließlich Biobanking mit den jeweils dafür zu beachtenden gesetzlichen Grundlagen, insbesondere wenn eine langfristige Nutzung von Daten oder Proben geplant ist. Angesprochen werden u.a. Themen wie informierte Einwilligungserklärung, Anonymisierung und Pseudonymisierung von Daten, Nutzung von Daten aus der Gesundheitsversorgung und im Rahmen der Medizin-Informatik-Initiative. Eine begleitende Übung soll Einblick in den praktischen Umgang mit einem Datenschutzkonzept vermitteln.

Referenten: Thierry Meurers, Anna Haber (Berlin Institute of Health / Charitè)

18.11.2022 | 09:30 – 13:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 60 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 90 € / Industrie: 180 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Anfänger

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Rechner mit Internetverbindung und Installation der Software ARX

Für einen sinnvollen Einsatz von Anonymisierungsverfahren ist ein fundiertes Wissen erforderlich, um Nutzen und Risiken vor dem Hintergrund von konkreten Fragestellungen einschätzen zu können. Dieses Tutorial bietet ein aufeinander abgestimmtes Programm sowohl zu den theoretischen Grundlagen als auch zur praktischen Nutzung von Anonymisierungswerkzeugen. Die aktive Anwendung eines Anonymisierungswerkzeugs auf Basis eines Beispieldatensatzes und verschiedenen Fragestellungen bildet den Kern der Schulung und vermittelt den TeilnehmerInnen ein praktisches Verständnis der Wirkungsweise und der Effekte verschiedener Anonymisierungsmethoden - samt zugehöriger Parametereinstellungen.