TMF-Tutorials 2022

Referenten: Julia Palm (Universitätsklinikum Jena), Karoline Buckow (TMF e.V.)

06.12.2022 | 09:30 bis 18:30 Uhr | Präsenz

Kosten: TMF-Mitglieder: 300 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 480 € / Industrie: 960 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Besuch des Tutorials "Einführung und erste Schritte in HL7 FHIR, oder entsprechendes Vorwissen, Grundlegende Erfahrungen mit einer beliebigen Programmiersprache

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Laptop

Das Tutorial startet mit einer Übersicht über die Kerndatensatzstruktur der MII. Anschließend wird einmal kurz wiederholt, wie Implementation Guides bzw. FHIR Profile des KDS für Auswertungszwecke zu lesen und interpretieren sind. Die Teilnehmenden erhalten dann eine knappe Einführung in die spezifischen Besonderheiten von R für Teilnehmende, die mit dieser Sprache bisher keinen Kontakt hatten. Dann wird das Paket "fhircrackr" zur Verarbeitung von FHIR Daten in R vorgestellt und anschließend wird exemplarisch eine Analyse auf KDS-Beispieldaten durchgeführt. Während der verschiedenen Themenblöcke wechseln sich Präsentation und praktische Übungen regelmäßig ab.

Referenten: Manuel Nietert, Liza Vinhoven (Medizinische Bioinformatik Universität Göttingen)

06.12.2022 | 14:30 bis 18:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 60 € / Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 90 € / Industrie: 180 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Programmierkenntnisse sind explizit nicht vorausgesetzt. Einführung in KNIME Umgebung hilfreich / empfohlen

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Eigenen Rechner mit Onlineverbindung. Erfolgte Installation von KNIME, Infomaterial wird bereitgestellt.

Die Benutzer lernen ein generell anwendbares Software-Tool im Bereich DataScience genauer kennen und gehen damit erste Schritte in der Bildverarbeitung und Bildauswertung. Nach einer kurzen Einführung in das System und dem theoretischen Hintergrund werden wir sehr praxisnah mittels geführter Übungsaufgaben in die Benutzung dieser grafischen Workflow Plattform einweisen und die Möglichkeiten des Open Source Systems erörtern: u.a. die Handhabung diverser biomedizinischer Bilddaten und die ergänzende Einbindung von R und Python. Hierbei werden wir ihnen genug theoretischen Hintergrund geben, damit sie verstehen, was und wieso sie etwas in diesem Kurs tun. Mehr Informationen zu KNIME https://www.toolpool-gesundheitsforschung.de/produkte/knime-analytics-platform.

Referenten: Franziska Jahn, Alexander Strübing, Sebastian Stäubert (Universität Leipzig)

06.12.2022 | 09:30 bis 16:30 Uhr | Online

Kosten: TMF-Mitglieder: 120 € /Nicht-Mitglieder akademische Forschung: 180 € / Industrie: 360 €

Besondere Zugangsvoraussetzungen/ Fachkenntnisse: Medizininformatik Kenntnisse (z.B. zu typische Anwendungssysteme und Kommunikationsstandards im Gesundheitswesen) sind hilfreich aber keine Grundvoraussetzung

Mitzubringende Arbeitsmaterialien: Es werden praktische Übungen mit dem 3LGM² Tool durchgeführt, deshalb wäre es gut, wenn jede/r Teilnehmer/in einen Computer mit installiertem 3LGM² Tool vorbereitet: https://www.toolpool-gesundheitsforschung.de/produkte/3lgm2-baukasten

Bei der Planung von Informationssystemarchitekturen (ISA) müssen zahlreiche Anforderungen und Rahmenbedingungen berücksichtigt werden. Sollen dabei Anwendungssysteme Informationen gemeinsam verarbeiten, die evtl. über mehrere Standorte verteilt sind, bietet es sich an, ein Modell der Ziel-Architektur zu erstellen. Dieses ermöglicht es, verschiedene Anwendungsszenarien durchzuspielen, die Pläne zu präzisieren und zu optimieren, aber auch den Überblick über die ISA zu behalten. Ein Modell ist ebenfalls hilfreich zur Dokumentation einer bestehenden ISA, was sowohl für den Betrieb, für Zertifizierungen oder für ein Datenschutzkonzept erforderlich ist. Am Beispiel eines Datenintegrationszentrums wird im Workshop vermittelt, wie eine ISA mit Hilfe des 3LGM² Tools modelliert werden kann.