Dockerbank: Biomedizinische IT-Lösungen als Container
TMF-Workshop zeigt große Nachfrage nach praxisorientierten Instrumenten zur Verwaltung von Software-Architekturen
16.09.2016
Biomedizinische Informatiker unterstützen Forschung und Versorgung mit
innovativen IT-Werkzeugen und Diensten. Deren Evaluation, Installation und
Konfiguration ist jedoch häufig komplex. Docker-Container erlauben es,
Anwendungen mit einem einzigen Befehl zu laden und zu starten. In einem von der
TMF veranstalteten Schulungsworkshop trafen sich am 9. September 2016 in Berlin Interessierte aus einem weiten
Anwenderkreis (Routine-IT der Krankenhäuser, Institute, Forschungsverbünde,
Studienzentren), um sich sowohl mit den theoretischen Aspekten der
Docker-Architektur auseinanderzusetzen als auch in praktischen Übungen eigene
Docker-Container zu erstellen.
Docker – die
Anwendungsvirtualisierung auf Basis sogenannter Container – hat in den letzten
beiden Jahren einen bemerkenswerten Aufstieg von einem kleinen Startup-Projekt
zu einer von vielen namhaften IT-Firmen (Amazon, Google, IBM, Microsoft)
getragenen Initiative hinter sich. Gründe hierfür sind die einfache Erstellung
gekapselter Laufzeitumgebungen für komplexe Anwendungen und deren – verglichen
mit virtuellen Maschinen – ressourcenschonende Ausführung.
Populäre IT-Werkzeuge
aus dem TMF-Umfeld bereits „dockerisiert“
Im Rahmen des Dockerbank-Projekts wurden Softwareentwicklungen aus TMF-Projekten sowie weitere im Kreis der
TMF-Mitglieder populäre IT-Werkzeuge als Docker-Container realisiert und in
einer zentralen Datenbank abgelegt. Damit können interessierte Dritte leichter als bisher TMF-Lösungen
evaluieren und einsetzen, da deren komplexe Installation und Konfiguration
erheblich erleichtert wird.
Grundlagen der
Docker-Architektur in praktischen Übungen vertieft
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Referent Sebastian Stäubert (IMISE Leipzig) führt in die praktischen Übungen zur Docker-Plattform ein.
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Im aktuellen Workshop wurden der Community nach einer
Begrüßung durch Dr. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen) und
Matthias Löbe (IMISE Leipzig) zunächst die Grundlagen der Docker-Architektur
und die basalen Konzepte vermittelt. Daraufhin stellte Christian Bauer (Universitätsmedizin
Göttingen) in seinem Vortrag die dockerisierten Lösungen aus dem TMF-Umfeld
vor. Einen besonderen Schwerpunkt bildeten die Docker-Container des
MOSAIC-Projekts, präsentiert von Martin Bialke (Universitätsmedizin Greifswald),
welche sowohl singulär als auch orchestriert, d. h. im Verbund, eingesetzt werden
können. Zum Abschluss des theoretischen Teils wurden fortgeschrittene Szenarien
und Best-Practices diskutiert.
Nach den theoretischen Ausführungen folgten praktische
Übungen zur Vertiefung der Inhalte. Während Sebastian Stäubert (IMISE Leipzig)
die Teilnehmer zuerst durch ein vorbereitetes Szenario führte, wurden im
zweiten Teil Übungen auf einer von Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen)
vorbereiteten virtuellen Maschine gelöst.
Teilnehmer fragen
weiterführende Schulungen nach
Die Teilnehmer des Workshops äußerten in einer
Abschlussdiskussion den Bedarf an weitergehenden Schulungen. Dies betrifft sowohl
die Thematik der Zusammenschaltung von Docker-Containern, auch „Orchestrierung“
genannt, als auch Aspekte des Routinebetriebs wie Überwachung, Logging,
Sicherheit und Backups. Außerdem wurde besprochen, welchen Einfluss Docker auf
zukünftige Informationsarchitekturen der medizinischen Forschung und
Versorgung, an einzelnen Standorten haben wird, beispielsweise auch in den
Datenintegrationszentren, die im Rahmen der Medizininformatik-Initiative des
BMBF aufgebaut werden sollen.
Weitere Informationen
- Dowload des Programmflyers [PDF | 219 kB]
Vorträge des Workshops:
- Dr. med. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen), Matthias Löbe (IMISE Leipzig): Begrüßung u. Einführung [PDF | 416 kB]
- Mattias Löbe (IMISE Leipzig): Grundlagen der Container-Virtualisierung [PDF | 1 MB]
- Christian Bauer (Universitätsmedizin Göttingen), Dr. med. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen): Vorstellung von Containern biomedizinischer IT-Lösungen [PDF | 1,1 MB]
- Martin Bialke (Universitätsmedizin Greifswald): Vorstellung von Containern u. Orchestrierung am Beispiel der "MOSAIC Toolbox for Research" [PDF | 1,1 MB]
- Dr. med. Thomas Ganslandt (Universitätsklinikum Erlangen): Rahmenbedingungen u. Best Practices beim Betrieb von Containerlösungen [PDF | 347 kB]
Übungen des Workshops:
- Sebastian Stäubert (Universität Leipzig), Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen): Installation der Docker-Plattform und Nutzung vorhandener Container [PDF | 571 kB]
- Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen), Sebastian Stäubert (Universität Leipzig): Erstellung eigener Container,Orchestrierung von Containern [PDF | 461 kB]