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Datenmanagement und -integration mit tranSMART

Plattform zur Auswertung von phänotypischen und genotypischen Daten der TMF-Community präsentiert

09.08.2016. In Projekten der vernetzten medizinischen Forschung werden Daten oft aus unterschiedlichen Quellen, mit unterschiedlichen Prozessen und an unterschiedlichen Standorten erhoben und zusammengeführt. Diese besser verfügbar zu machen und langfristig bereitzustellen, um eine reproduzierende Auswertung zu ermöglichen, ist eine wichtige Aufgabe für die medizinische Informatik. Die Plattform tranSMART, die aktuell an den Standorten Erlangen, Göttingen, Heidelberg und Kiel im Einsatz ist, erlaubt solche Auswertungen und wurde während eines TMF-Workshops am 5. August 2016 in Berlin vorgestellt. Dabei bietet die Plattform den Vorteil, nicht nur klinische, sondern auch genomische Daten zu unterstützen.

   
   Prof. Dr. Ulrich Sax

Mithilfe ihrer grafischen Oberfläche bietet die Plattform tranSMART die Möglichkeit, schnell einen Überblick über vorhandene Datensätze zu erhalten und die Daten zu visualisieren. Dabei können diese Analysen auch der frühzeitigen Qualitätssicherung der Dokumentation oder der Generierung neuer Forschungshypothesen dienen. Während seiner Einführung zum Workshop betonte Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen), dass er von der Leistungsfähigkeit der Plattform überzeugt sei. „Gleichwohl kann tranSMART nicht zaubern“, schränkte er ein. „Vielmehr ist weiterhin die Expertise von medizinischen Informatikern, Statistikern und Epidemiologen erforderlich, um valide und nachprüfbare Analysen zu gewährleisten.“ Auch Regeln, d. h. Access-and-Use-Policies, die bestimmen, welche Auswertungen der Forscher mit den vorliegenden Daten vornehmen kann und welche nicht, seien zentral für den Einsatz einer solchen Plattform in Forschungsprojekten, so Sax.  

 

Vorteil gegenüber i2b2

 

Kees van Bochove

 
   

Auch die Plattform „Informatics for Integrating Biology and the Bedside“ (i2b2) ist ein Werkzeug zur interaktiven Exploration und Auswertung von Daten. Sie hat gegenüber tranSMART allerdings den Nachteil, dass sie derzeit keine genomischen Daten unterstützt, die im Zuge der Systemmedizin zunehmend an Bedeutung gewinnen. „Auf lange Sicht wäre es aber wünschenswert, dass i2b2 und tranSMART zusammenwachsen“, sagte Sax.

Diesen Wunsch teilte auch Kees van Bochove (The Hyve, Utrecht/Niederlande), der die nächsten großen Entwicklungsstufen von tranSMART erläuterte, die durch die tranSMART Foundation geplant sind.

  

tranSMART als Einstieg für systembiologische Analysen

Einen Einblick in die Welt jenseits der Datenintegration und reinen Datenpräsentation gaben Reinhard Schneider und Sascha Herzinger von der Universität Luxemburg. In der Systemmedizin wird tranSMART als Einstieg verwendet, um Daten zu ausgewählten Patienten im Kontext bekannter systembiologischer Pathways hinsichtlich der aktuellen Literatur beurteilen zu können.

 
Der Workshop vermittelte den Teilnehmern sowohl grundlegende Konzepte der tranSMART-Plattform als auch fortgeschrittene Themen. Außerdem bot er die Gelegenheit, die Plattform anhand eines praktischen Szenarios zu erproben.  
   


Weitere Informationen

  1. Download des Programmflyers (Stand: 19.07.2016) [PDF | 1,2 MB]  

Vorträge des Workshops:

(Ggf. wurden Abbildungen aus urheberrechtlichen Gründen entfernt)

  1. Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen): Einführung in die tranSMART-Plattform [PDF | 5 MB]
  2. Kees van Bochove (The Hyve, Utrecht/Niederlande): tranSMART Architecture and Roadmap [PDF | 7 MB]
  3. Prof. Dr. Ulrich Sax (Universitätsmedizin Göttingen): Open Data Analytics – Gefahren durch p-Hacking
  4. Reinhard Schneider (Universität Luxemburg): tranSMART and beyond [PDF | 2,5 MB]
  5. Sascha Herzinger (Universität Luxemburg): SmartR – Dynamic Visual Analytics in TranSMART [PDF | 806 kB]
  6. Christian Knell (Friedrich-Alexander-Universität Erlangen-Nürnberg): Import und Repräsentation hochdimensionaler Daten [PDF | 424 kB]
  7. Benjamin Baum (Universitätsmedizin Göttingen): Beispiele zu Daten aus der Routineversorgung (§ 21 KHEntG, Intensivmedizin) und aus der Forschung (Mikrobiom) [PDF | 860 kB]

Übungen des Workhops:

  1. Übungsteil 1 [PDF | 887 kB]

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