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Ein Werkzeugkasten für die Nutzung der i2b2-Plattform

Großes Interesse der deutschen und europäischen i2b2-Standorte beim ersten Treffen der European i2b2 Academic User Group in Erlangen

08.04.2013. Die in den USA am NIH aufgebaute Open Source-Plattform „Informatics for Integrating Biology & the Bedside“ (i2b2) trifft auch in Europa auf höchstes Interesse, in mehreren Ländern gibt es bereits exemplarische Umsetzungen. Beim ersten Treffen der European i2b2 Academic User Group am 25. und 26. März 2013 in Erlangen wurde ein Werkzeugkasten vorgestellt, der in Deutschland künftig das Aufsetzen der Plattform, das Aufbereiten und Laden der Daten ins i2b2 sowie die Integration von Standardterminologien unterstützt.

Der Workshop, an dem etwa 70 medizinische Forscher und Medizininformatiker aus Europa und den USA teilnahmen, war gekoppelt an die Feierlichkeiten zum zehnjährigen Bestehen des Lehrstuhls für Medizinische Informatik in Erlangen. Er wurde von der GMDS-Arbeitsgruppe „Nutzung von elektronischen Krankenakten für die Forschung“ organisiert und von der TMF unterstützt.

  

Ergebnisse des IDRT-Projekts erleichtern den Aufbau von Forschungsdatenbanken

 Sebastian Mate (Universitätsklinikum Erlangen)  
Sebastian Mate (Universitätsklinikum
Erlangen) stellte die Architektur des
IDR-Toolkit vor. (Foto: Th. Ganslandt)
 
 Christian Bauer (Universitätsmedizin Göttingen)  
Christian Bauer (Universitätsmedizin
Göttingen) präsentierte das Paket zum
Import von Patientendaten in die i2b2-
Plattform. (Foto: Th. Ganslandt)
 

Der Werkzeugkasten ist im Rahmen des TMF-Projektes „Integrated Data Repository Toolkit“ (IDR-Toolkit) entwickelt worden, dessen Ergebnisse jetzt vorliegen und in Kürze öffentlich verfügbar gemacht werden. „Die Projektergebnisse wurden von der deutschen i2b2-Community mit großem Interesse aufgenommen und auch die europäischen i2b2-Standorte waren an den entwickelten Werkzeugen sehr interessiert“, berichtete Dr. Thomas Ganslandt (Medizinisches Zentrum für Informations- und Kommunikationstechnik des Universitätsklinikums Erlangen), der das Projekt leitet. Projektpartner sind neben den Erlanger Medizininformatikern die Institute für Medizininformatik an den Universitätskliniken Göttingen und Leipzig.

Beim „Hands-On Integrated Data Repository Toolkit Workshop“ am zweiten Veranstaltungstag hatten i2b2-Administratoren aus deutschsprachigen Forschungseinrichtungen und -projekten die Möglichkeit, die IDR-Tools auf ihren eigenen Rechnern zu installieren und auszuprobieren. „Mit den nun im IDRT-Projekt entwickelten Werkzeugen wird es zukünftig wesentlich einfacher werden, auch ohne tiefe i2b2-Erfahrungen eine neue i2b2-Instanz als Integrationsdatenbank bzw. Forschungs-Data Warehouse aufzusetzen und mit ersten Inhalten zu füllen. Der i2b2-Wizard zum Beispiel ist hierfür eine Riesenunterstützung“, konstatierte Florian Rißner, der in Jena eine Forschungsdatenbank für den IFB Sepsis und Sepsisfolgen unter Einsatz von i2b2 aufbaut.

 

Europäischer Erfahrungsaustausch stärkt die translationale Forschung  

   
  Integration und Pflege der medizinischen
Terminologien in i2b2 war das Thema
des Vortrags von Matthias Löbe (Uni-
versität Leipzig).(Foto: Th. Ganslandt)
   
  Shawn Murphy (Boston/USA), einer der
Hauptarchitekten der i2b2-Plattform,
berichtete über aktuelle Arbeiten aus
den USA und die geplanten Updates,
die der Community in diesem Jahr zur
Verfügung gestellt werden sollen. (Foto:
Th. Ganslandt)

Mehrere internationale Vorträge zeigten den Einsatz von i2b2 in Italien, Frankreich und Großbritannien. Aus den USA war Shawn Murphy aus Boston angereist, einer der Hauptarchitekten der i2b2-Plattform. Er berichtete über aktuelle Arbeiten aus den USA und die geplanten Updates, die der Community in diesem Jahr zur Verfügung gestellt werden sollen. So wird ein erster Release Candidate der neuen i2b2-Version 1.7 im April erscheinen, der unter anderem zeitliche Abfragen ermöglicht und eine „Identity Management cell“ enthält. Weitere geplante Neuerungen sind das „Clinical trials out-of-the-box“- und das „Next-Generation Sequencing“-Plug-in.

Abgerundet wurde der Workshop durch zwei Keynotes aus Pavia und Paris, die nicht nur die mit i2b2 bisher erreichten Ergebnisse reflektierten, sondern auch neue Einsatzmöglichkeiten und Herausforderungen, insbesondere zur Integration von Phänotypdaten mit Genomdaten im Umfeld von i2b2 aufzeigten.

Abschließend fasste einer der Teilnehmer aus Großbritannien den Workshop sehr treffend zusammen: „Nicht nur, dass ich bei diesem ersten europäischen Treffen der akademischen i2b2-Anwender viele neue Anwendungsszenarien und Werkzeuge zur Integration von Phänotypdaten und Genomdaten zur Nutzung in der translationalen Forschung kennengelernt habe, so traf ich doch zusätzlich hier in Erlangen auf zwei weitere Arbeitsgruppen aus Großbritannien, welche i2b2 einsetzen und die ich bisher noch gar nicht kannte. Dieser internationale Austausch muss auf jeden Fall fortgesetzt werden, und ich freue mich schon jetzt auf das 2. Europäische i2b2-Meeting.“ 


  1. TMF-Projektseite „Integrated Data Repository Toolkit“
  2. GMDS AG „Nutzung von elektronischen Krankenakten für die Forschung“
  3. Jubiläum: 10 Jahre Lehrstuhl für Medizinische Information Erlangen
  4. Informatics for Integrating Biology & the Bedside (i2b2)

 

Vortragsfolien & Screenvideos

  1. 00_Agenda_First-European-i2b2-Workshop [pdf | 375,2 KB]
  2. 00_i2b2-Workshop-Welcome [pdf | 2,3 MB]
  3. 01_IDRT-Platform_Architecture_Sebastian-Mate(Erlangen) [pdf | 2,2 MB]
  4. 02_IDRT-Unlocking-Research_Christian-Bauer(Goettingen) [pdf | 1,3 MB]
  5. 03_IDRT-Medical-Terminologies_Matthias-Loebe(Leipzig) [pdf | 2,2 MB]
  6. 04_research-i2b2-data-integration-FSM-experience_Daniele-Segagni(Pavia) [pdf | 3,4 MB]
  7. 05_ScreenVideo-BRISSKit_(Leicester) [avi | 67,0 MB]
  8. 05_using-i2b2-in-cardiovascular-cohort-discovery_BRICCS_Holden(Leicester) [pdf | 1,2 MB]
  9. 06_i2b2-SPARQL-Endpoint_Sajjad-Hussain(Paris) [pdf | 1,7 MB]
  10. 07_i2b2_Datamart_Florian-Rißner(Jena) [pdf | 2,8 MB]
  11. 08_Roogle-and-i2b2_Marc-Cuggia(Rennes) [pdf | 1,1 MB]
  12. 08_ScreenVideo_Roogle-and-i2b2_Marc-Cuggia(Rennes)_1 [avi | 90,8 MB]
  13. 09_i2b2-translational-enginge-at-the-national-scale_Shawn-Murphy(Boston) [pdf | 4,1 MB]
  14. 10_IDRT-hands-on-workshop_CSVODMSQL(Goettingen) [pdf | 1,1 MB]
  15. 10_IDRT-hands-on-workshop_i2b2-wizard(Erlangen) [pdf | 687,5 KB]
  16. 10_IDRT-hands-on-workshop_Paragraph-21(Erlangen) [pdf | 179,9 KB]
  17. 10_IDRT-hands-on-workshop_Platform-Architecture(Erlangen) [pdf | 2,0 MB]
  18. 10_IDRT-hands-on-workshop_Standardterminologien(Leipzig) [pdf | 507,1 KB]
  19. 10_IDRT-hands-on-workshop_UseCaseDWH(Erlangen) [pdf | 659,3 KB]
  20. 11_Research-Platform-in-Erlangen_Thomas-Ganslandt(Erlangen) [pdf | 2,2 MB]
  21. 12_cardio-and-onco-i2b2-as-platforms-for-translational-research_Riccardo-Bellazzi(Pavia) [pdf | 30,2 MB]
  22. 13_15-years-with-integrated-clinical-information-system-at-Pompidou-University-hospital_Patrice-Degoulet(Paris) [pdf | 5,4 MB]  

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